חמאס הודיע כי ח'ליל אל-הייה נבחר לראש החדש של לשכת ההנהגה הפוליטית של הארגון ולמחליפו של יחיא סינוואר.

אל-הייה שהה במשך שנים מחוץ לרצועת עזה ומתגורר בדוחא יחד עם מנהיגי חמאס נוספים. הוא עומד בראש משלחת המשא ומתן של חמאס מאז תחילת מלחמת עזה, ועל פי דיווח סוכנות הידיעות רויטרס, לאחר חיסול איסמעיל הנייה בטהרן ביולי 2024 הוא נחשב לדמות המשפיעה ביותר בתנועה מחוץ לפלסטין.

הוא היה היעד המרכזי בתקיפה של ישראל בדוחא ב-9 בספטמבר 2025, אולם הצליח לשרוד. בתקיפה זו נהרגו גם בנו, ח'מהם, מנהל הלשכה שלו, ג'יהאד לבד, שלושה מאבטחים ואיש צבא קטרי אחד. זה היה המהלך הצבאי הראשון המוכר שביצעה ישראל בשטחה של קטר.

חמאס מסווגת על ידי ארה"ב וישראל כארגון טרור.

לאחר חיסול הנייה ולאחר מכן סינוואר, חמאס נוהלה באמצעות מועצת הנהגה בת חמשה חברים שהייתה ממוקמת בקטר, כאשר אל-הייה היה אחד מחבריה.