عباس حیدرزاده، مداح، به نقل از احمد مروی، تولیت آستان قدس رضوی، می‌گوید در شب دفن رهبر دوم جمهوری اسلامی،‌مجتبی خامنه‌ای از نیمه‌شب تا ساعت هفت صبح در حرم حضور داشته و از نظر جسمی و چهره «کاملا سالم» بوده و هنگام صحبت کردن نیز مشکلی نداشته است. براساس این روایت، احمد مروی، شماری از مقام‌های جمهوری اسلامی، دیگر حاضران و پسران علی خامنه‌ای، نماز جماعت را به امامت مجتبی خامنه‌ای خوانده‌اند. حیدرزاده همچنین می‌گوید مجتبی خامنه‌ای حدود نیم ساعت دوزانو کنار قبر پدرش نشسته و گریه کرده است. از زمان انتخاب مجتبی خامنه‌ای به رهبری جمهوری اسلامی، حضور عمومی او گزارش نشده و تصویر تازه‌ای از او منتشر نشده است. مقام‌های جمهوری اسلامی حتی از انتشار صدای او نیز با ادعای احتمال مشخص شدن مکانش خودداری کرده‌اند.