آیت‌الله سید علی خامنه‌ای، بامداد جمعه در حرم امام هشتم شیعیان دفن شد.

پیش از دفن، پسر بزرگ او مصطفی خامنه‌ای بر جنازه پدرش نماز خواند.

علی خامنه‌ای پس از ۱۳۱ روز بالاخره به خاک سپرده شد، مراسم تشییع جنازه او علاوه بر تهران و قم در شهرهای نجف و کربلا در عراق و نهایتا مشهد برگزار شد.

در طول برگزاری مراسم تشییع جنازه و دفن خامنه‌ای، مجتبی فرزند دوم او که پس از مرگ پدر به‌عنوان رهبر جمهوری اسلامی ایران معرفی شد، در هیچ یک از مراسم‌ها دیده نشد و این غیبت، گمانه‌‌زنی‌ها در مورد زنده‌ نبودن یا وضعیت وخیم جسمانی او را تقویت کرد.

پیش‌تر برخی رسانه‌ها اعلام کردند که مجتبی خامنه‌ای به توصیه سپاه پاسداران در هیچ یک از مراسم پدرش شرکت نمی‌کند.