MySQL جدول‌ها را از راه یک موتور ذخیره‌سازی (storage engine) نگه می‌دارد و موتور پیش‌فرض، InnoDB، همانی است که می‌خواهید: تراکنش، قفلِ ردیفی، بازیابی بعد از خرابی و کلید خارجی. InnoDB هر جدول را هم به شکل خاصی ذخیره می‌کند و همین شکل تعیین می‌کند کلیدها و ایندکس‌ها را چطور انتخاب کنید.